目前我国的循环水养殖系统技术的系统设施和养殖生产处于相脱节的状况，也就是说只有少数人真正掌握循环水养殖设施正常管理技术，大多数已建的循环水养殖设施很大一部分不能正常运转。究其原因，一是循环水养殖管理要求复杂，技术上有缺陷，不易实现平稳运行；二是一般养殖场的人员素质和结构不能满足循环水养殖的要求。因此，今后养殖设施的开发应更加注重从整体上整合养殖设施和养殖技术，做到“软硬件”真正的统一，并不断提高设施的信息化和智能化水平，降低管理维护难度。
当滚筒内悬浮物积聚到一定数量时，会引起滤网透水量下降，导致滚筒内水位上升，当水位上升到设定的高水位时：液位自动控制系统工作，此时，反清洗水泵和滚筒电机同时自动开启，反清洗水泵的高压水经微滤机的反清洗系统对旋转的滚筒滤网进行高压清洗，堵塞在滚筒滤网上的悬浮物在高压水的冲洗下，流入污物收集槽再经排污管排出。做工厂化循环水养殖，选择好循环水养殖水处理系统关键。依靠专业的技术能力，在节约系统占地面积的同时，率先做到了低能耗，整个循环水养殖水处理系统只在水泵和消毒设备上使用到电能，其余均实现了水力自动化，相比较目前市场上的水处理系统，在能耗上大幅降低，成为了养殖用户的重要选择。
循环水养殖系统难点是解决氮循环的问题，要消除氨氮和亚硝/酸氮的影响。传统的解决方案是在循环水养殖系统中加入了反硝化反应池，但由于反硝化作用需要在严格厌氧条件下进行，因此硝化作用反应池需要跟反硝化作用反应池分开，这就增加了循环水养殖系统的成本。前循环水养殖设备已实现工厂化生产，实现养殖池与养殖净化设备的无缝连接。通过一系列的物理过滤、化学沉淀以及通过微生物的作用去除氨氮、硝氮和亚硝氮再通过杀菌消毒、充氧等操作，水体重新流回到循环水养殖系统中，实现养殖水的循环利用。